《万妖图录传第二季》紧接第一季结尾，渡妖司掌印沈砚刚把收拢的半卷万妖图温养妥当，藏在司中禁地的另一半残图突然自爆封咒，三十多只被压了三百年的“在册恶妖”四散逃去人间。沈砚带着跟着他修行了大半年的狐妖小狸一路追缉，却发现这些被标注成“噬人索命、无恶不作”的妖个个背着沉冤：要么是挡了仙门抢夺灵脉的路被硬扣恶名，要么是舍命救了凡人反遭构陷。 顺着踪迹一路查探，沈砚发现幕后推手正是如今执掌玄盟的清玄真人——三百年前正是他篡改图录，要把知晓他屠妖夺宝罪证的妖族全封进图里炼化。沈砚顶着仙门施压，和旧友、沉冤得雪的妖族一同拦下清玄真人毁图灭证的阴谋，拼全残图还原了真相，最后干脆改了渡妖司“见妖即收”的死规矩，成了人妖两界评断公道的中间人。
