第三季接上季仙门大乱的残局，种仙观主为镇住暴动的仙苗，带着观里那群凶名在外的恶仙闯上古仙战场。本想找齐禁制残卷，补全道观、护住身边人，却挖出惊天旧案：所谓“全员恶仙”，根本是当年天界篡位者扣给旧神的污名；就连观主自己，也是上古守观人的转世，观中每株仙苗都系着自己的一魄。 高居莲台的正道仙尊撕破脸，布下诛仙阵，要把这群异己连同种仙观一起炼成丹药。平日里互相拆台、谁也不服谁的恶仙们这次齐齐站了出来：魔尊硬抗雷劫，剑仙以身祭阵，狐仙燃尽内丹开路。观主最终以仙骨为种，掀翻伪仙统治，重订三界仙规，也让背了万世骂名的众人，终于堂堂正正站回了阳光下。
